Wii版とDS版が登場する今作。
操作方法は各ハードに併せてチューニングされ、DSのタッチペンを使用した操作はWiiではWiiリモコンで行います。
また、Wii版ではDSの上下画面が左右に配置され、Wiiリモコンの＋と－でいつでもどこでも、メイン画面とサブ画面の大きさを自由に変更でき、イベントやメニュー画面の使用に応じて手元ですぐに大きさの変更が行えるので、ゲーム中でも快適！
左右の入れ替えもできるので、使いやすさに合わせて変更しましょう。

更に、ビギナータイプとエキスパートタイプが用意されWiiの操作に慣れていない人も、慣れている人も、アクションRPGが苦手な人も得意な人も操作のしやすさが重視されたものになっています。
メニュー画面を使用する時も、ポインタを使わずにショートカットで操作ができたりと快適に操作ができる工夫が随所に盛り込まれています。

更にDS版でも十字ボタンの設定をオプションから変更することができるようになったので、斜め移動が苦手な人もこれで安心！

また、Wii版は解像度が四倍できれいな画面でプレイすることができるので、
手軽に持ち運んでプレイしたい人も、大きな画面でゆっくりプレイしたい人も自分のプレイスタイルに合わせて遊ぶことができます。

FFCC エコーズ・オブ・タイムに登場する全ての装備品に「レベル」があり、装備した状態でバトルすると装備品の経験値が貯まり、装備自体のレベルが上がっていきます。
初期状態ではどの装備もLv3が上限となりますが、装備品のレベルがあがるたびに、装備品がそれぞれ持つステータス「攻撃力や魔力、特定のステータス」もアップするので、より使い込んだ装備の方が新しくショップに追加された装備より、ステータスが高いことも！
新装備を次々と着替えて楽しむことは勿論、お気に入りの一品をとことん成長させて最強装備にすることもできます！

敵を倒したり、宝箱からまれに入手でき、装備品に特殊効果をつけられる「ジュエル」。
追加できる特殊効果は攻撃力や、防御力などの能力値をアップするものから、特定の魔法の威力や耐性をアップするもの、特定の能力が強化されるものなど多種多様です。
それぞれの種族の特徴をさらに伸ばしたり、不安な部分を補ったりすることができます。
ジュエルはカスタマイザーセンターで、ギルを払えば、いつでもどの装備品にでも付け外しが可能なので、ダンジョンや敵、仲間にあわせて好きな時に変更できるので、いろいろな組み合わせを試してみましょう。

ただし、一部のジュエルは、特定の装備品にしか付け外しができないものも。
また、ジュエルの中には「装備レベル上限突破」という特殊効果を持つものがあり、このジュエルを装備品にセットすることで装備品のレベル上限をあげることができます。

街の「カスタマイザーセンター」では装備品に設定された空きスロット分だけジュエルをセットして特殊効果をつけることができます。
「アーム強化」で腕力を上げ、リルティ以外の種族も重いものを持てるようにしたり、ユークの魔力の高さを活かし、「魔法攻撃力アップ」と「紺碧の力 (氷属性の威力が上昇) 」をつけた装備で、ブリザジャを放てば破壊力抜群。また「フルーティアン」を付けてMPの回復量を上げておけば、さらに魔法に特化したキャラクターにすることができます。
どの装備になんの特殊効果をつけるかはあなた次第。自分だけのお好みの装備品を作ってみましょう。

ジュエルは「カスタマイザーセンター」の「ジュエルに変換」を使って手に入れることも可能。「ジュエルに変換」では「レベルが3以上になった装備品」をジュエルに変換することができます。
装備品の種類によって様々なジュエルに変換され、同じ装備品でも、装備品のレベルによって入手できるジュエルが違います。レベルの高い装備品の方が、より多くの種類や効果が高い貴重なジュエルを入手することができます。
好きな装備品のレベルを上げて装備し続けて自分好みの最強装備にするのか、ジュエルに変換して新しい装備品へとどんどん変えていくのか、一番の悩みどころ？！

前作「FFCC リング・オブ・フェイト」と同様に、今作でも武器や防具を替えれば装備品に応じて見た目が変化！
装備品はお店で購入できる他に、冒険の途中で入手できるレシピからオーダーメイドも可能。
お好みの方法で自分のキャラクターを自由にコーディネイト！

今作では、新たに追加された武器も！
大砲のようなものから、本、ベル、ホウキなどその種類も様々。

新しい装備品をお手軽に手に入れるなら、「大黒フレンド」がオススメ。完成品の武器や防具を購入することができます。
「カスタマイザーセンター」では、「レシピ」と「素材」から「オーダーメイド」で装備品を作ってもらえる。自分で装備品の元となる材料を集めているため、出来合いのものを購入するより、安値で装備品を入手できるのでお得！

また、「クローク」では武器や防具、アクセサリーなどの装備品を預けることができます。
装備品の整理やコレクションに役立てましょう。

「カスタマイザーセンター」でレシピと素材から、装備品や素材などのアイテムを作ってもらえる「オーダーメイド」。
レシピとレシピにある素材を集めて、手数料を払えば新装備が完成！
完成品を扱う大黒フレンドでは売っていない、オーダーメイドでしか手に入らない装備品も…。

レシピや素材はモンスターを倒したり、宝箱の中から入手できます。
一部はカスタマイザーセンターで購入でき、素材の中にはオーダーメイドで作り出せるものも存在する。レシピには必要な素材と、その素材を落とすモンスターの情報も載っているので、必要に応じて確認してみましょう。

ちょっぴりダークなイメージのハデスの鎧と兜のセット。赤い瞳と笑顔が印象的！
ヘッドギア＆ソルジャースーツであなたもソルジャー気分
ケンドウアーマーとマスクでコーディネイトしたら、仕上げはバンブーソードで決まり！
テンプルアーマーとヘルムのセットにはクレイモアを合わせて。

メイド服シリーズに新たな仲間たちが追加！
メイド長シリーズや真紅のメイド服…お好みのメイド服を身に纏ったら、死神の鎌、メイドブレードやメイドバズーカなどの武器で大胆に個性を演出。！

ヴァルキリーの鎧と兜で気分は「戦乙女」！なんと男性も装備可能！
おなべとハイウインドであの頃の自分に…。
水中では潜水服で大活躍？！

キャラクターのレベルが上がると次々と覚えていく「アビリティ」。アビリティには覚えただけで効果があるものや、渾身の力とMPを使用して攻撃をたたき出す「チャージアタック」や「チャージブレイク」などバトルで使用できる技があります。
それぞれの種族ごとに覚えられるアビリティは異なり、種族が固有にもつ能力や特徴を活かした「攻撃力アップ」などのステータスが上がるものや、武器ごとの「コンボ」など種類は様々です。

前作では種族ごとに装備できる武器の種類が決まっていましたが、今作では種族による武器装備の垣根はありません！どんな種族でも好きな武器を自由に装備できます。ただし、種族によって得意な武器があり、アビリティは得意な武器を装備することで最大限に力を発揮できます。